1、 根 番茄的根属于直根系，有主根、侧根和不定根。根系发达，分布广而深。根系群主要分布在30厘米的耕作层，1米以下土层中分布很少。根系水平方向分布的广度为2.5～3 米，纵深方向的根可达1.5米。根系主要起固定植株和向地上部提供水分和营养的作用。番茄的根再生能力很强，茎基部和平卧在地上的茎都会产生大量的不定根。因此，可通过培土促进根系特别是不定根形成。
2、 茎 番茄的茎木质化程度不高，属半蔓生或半直立性。因此除少数矮生直立型品种和加工番茄外，多数品种的栽培需要有支架。番茄为合轴分枝习性，因品种的遗传特性，花芽和叶芽交替分化，使茎得以不断延伸。茎主要起支撑地上部分和输导营养的作用。
3、 叶 番茄为不规则羽状叶，由5～9片小叶组成。因品种的遗传特性，又可分为缺刻明显的普通叶、小叶皱缩排列紧密的皱缩叶和小叶无缺刻的马铃薯叶。但是常见的栽培品种多为普通叶型。叶片主要是进行光合作用，合成碳水化合物，供给整个植物体的营养物质。
4、 花 番茄为总状或复总状花序，由顶芽分化而来。第一花序着生于主茎第6～9节，花序之间间隔叶片的数量因品种不同而异。一般有限生长型品种花序间间隔1～2片叶，无限生长型的品种花序间间隔3～4片叶。番茄的花为完全花，由雌蕊、雄蕊、花辨、萼片和花柄组成。属于自花授粉作物，天然异交率4%以下。成熟盛开的花朵为黄色，萼片为绿色。花是番茄的有性繁殖器官。
5、 果实 番茄为多汗浆果，由子房发育而来，包括果皮、隔壁、胎座及种子。果实的形状、大小、颜色因品种遗传特性差别很大。果形有扁圆、圆球、长圆、梨形和李形等；果实大小差异很大，可分为微小型（5.0克以下），微中型(5.1～20克)，微大型(20.1～40克)，小型(40.1～90克)，中型(90.1～150克)，大型(150.1～200克)和特大型（200克以上）。成熟果有红色、粉色、橘黄、浅黄和彩条等颜色；果实中包含种子，可为下一代再生产提供种子。
6、 种子 番茄的种子扁平圆形或肾形，土黄或枯草黄色，大多数种子表面被有短茸毛。千粒重为2～4克，一般生产用种使用寿命为3～4年。
番茄由哪六大部分组成？
由根、茎、叶、花、果实和种子六个大器官组成，由这六大器官构成一株完整的绿色开花植物物体，植物体的结构分成又分为细胞、组织、器官和植物体。生物体细胞内的染色体是成对存在的，在形成生殖细胞的时候，成对的染色体要分开，所以会减少一半，才可以保证由生殖细胞结合成的受精卵内染色体的数目的恒定不变。
一般构成植物体的基本单位是细胞，组织是细胞分化产生了不同的细胞群，每个细胞群由形态，结构、功能相同的细胞联合到一起形成的，这样的细胞群可以叫做组织。器官是由不同的组织按照一定的次序结合在一起构成的。番茄果实能用来繁殖后代的是生殖器官，番茄的表皮有保护作用，里面的果肉储存了大量的营养物质是营养组织，因此，一个完整的番茄在植物体结构层次上属于器官。
